STAI Al-Hidayah lahir diawali dari bergeraknya Lembaga Pendidikan dan Dakwah (LPD) Al-Huda Bogor yang memprioritaskan kegiatannya di bidang Tahfizh Alquran Al-Karim dan Program Belajar Jarak Jauh (PBJJ). Pada tahun 1998, LPD Al-Huda mulai mengembangkan sayapnya, hingga berdiri cabang-cabang Al-Huda di 25 kota di Jawa Barat dan Jakarta. Khususnya untuk PBJJ, pengembangannya sampai ke 26 propinsi di seluruh Indonesia dan bahkan hingga diminati oleh peserta yang berdomisili di luar negeri.
Program PBJJ yang dikembangkan oleh Al-Huda adalah Al-Mursyid dan Al-Hidayah. Al-Mursyid merupakan nama suatu paket program yang berisi bimbingan belajar Bahasa Arab praktis jarak jauh. Sedangkan Al- Hidayah adalah nama paket bimbingan belajar jarak jauh yang berisi bimbingan belajar dinul Islam. Dalam operasionalnya, Al-Hidayah mampu menjadi paket belajar unggulan dan mendapat sambutan hangat dari masyarakat hingga ke Jepang, Hongkong, dan Arab Saudi. Bahkan banyak dari para jama’ah yang mengusulkan supaya Al-Hidayah diselenggarakan secara formal dan melalui kuliah tatap muka.
LPD Al-Huda berusaha memenuhi aspirasi yang muncul dari jama’ah dengan diadakannya Tabligh Akbar dan Stadium General Al-Hidayah setiap hari Ahad di berbagai kota besar dimana cabang-cabang LPD Al- Huda berada. Namun hal tersebut tidak bisa memenuhi seluruh minat masyarakat yang demikian besar.
Dalam rangka mempersiapkan kader dakwah Islam yang profesional, selain mengelola pendidikan jarak jauh, LPD Al-Huda juga mengelola Pondok Pesantren Pengkajian Alquran non formal, Akademi Dakwah Islam (ADI) yang berlokasi di Leuwiliang Bogor. Namun seiring perkembangannya, dalam kegiatan oprasional teknisnya ADI didorong untuk bisa lebih ditingkatkan statusnya menjadi lebih profesional dan kompetitif.
Dari semua permasalahan yang muncul, kini timbulah suatu pemikiran untuk mengembangkan sebuah lembaga pendidikan formal yang mempunyai legitimasi hukum dan bisa mengayomi seluruh program yang sudah dijalankan. Pemikiran itu kemudian direalisasikan dengan dibentuknya Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Al-Hidayah. Dengan adanya STAI Al-Hidayah diharapkan kegiatan belajar bisa tercipta secara ilmiah dan profesional, baik Program Beasiswa Al-Hidayah (PBA), Program Belajar kelas Ekstensi maupun Reguler yang dilaksanakan setiap hari Senin sampai Kamis. Ketiganya berada dalam satu koordinasi, dalam satu naungan STAI Al-Hidayah.
Lokasi STAI Al-Hidayah sebelum perpindahan ke Dramaga berada di Cimanglid Sukamantri Kabupaten Bogor, dimana pada awal tahun 2010 kampus STAI Al-Hidayah berpindah ke Dramaga yang berlokasi di Jalan Raya Dramaga KM 7 Gg. Radar Baru Kelurahan Margajaya Kecamatan Bogor Barat Kota Bogor.
STAI Al-Hidayah telah membuka beberapa Jurusan dan Program Studi S1 (Strata Satu), di antaranya Jurusan Syariah Program Studi Ahwal Syakhshiyah (Hukum Keluarga), Jurusan Tarbiyah Program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI), dan Jurusan Ushuluddin Program Studi Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir. Kemudian pada tahun 2011 dibuka Program Studi baru D3 (Diploma Tiga), yaitu Jurusan Ekonomi Islam dengan Program Studi Perbankan Syariah. Kemudian pada tahun 2016 dibuka Program Studi Manajemen Pendidikan Islam (MPI). Selain itu, dalam meningkatkan mutu pendidikan mahasiswa, STAI Al-Hidayah dilengkapi dengan sarana dan prasarana yang diharapkan bisa menunjang, di antaranya sebuah bangunan masjid sebagai sarana beribadah dan media latihan keagamaan (laboratorium penyiapan mahasiswa) untuk diterjunkan ke tengah-tengah umat, perpustakaan, koperasi, studio radio, 5 Jurnal Ilmiah Terakreditasi, 4 Prosiding untuk publikasi hasil penelitian dan lainnya. Semua itu tidak lain demi peningkatan kualitas mahasiswa sebagai kader Islam yang bisa membela umat pada setiap lini kehidupan.
Sekolah Tinggi Agama Islam Al-Hidayah didirikan melalui Surat Keputusan Yayasan Islam Al-Huda No. 401/BP/V/1999 dan memulai perkuliahan pada tanggal 28 September 1999. Sekolah Tinggi Agama Islam Al-Hidayah memperoleh izin Koordinator Koordinatorat Perguruan Tinggi
Agama Islam Swasta (KOPERTAIS) Wilayah II Jawa Barat dan Banten dengan Nomor 32/Kop/S/II/2001, Izin Direktur Jenderal Pendidikan Islam Kementerian Agama RI Nomor Dj.II/232/2006 tanggal 10 Juli 2006, dan diperpanjang dengan nomor Dj.I/576/2011 Tanggal: 19 Mei 2011. Dan sejak tanggal 04 Oktober 2019 STAI Al-Hidayah mendapat Akreditasi Institusi Perguruan Tinggi (AIPT) dengan nomor SK Ban PT 557/SK/BAN-PT/Ak-PKP/PT/XII/2019.
Adapun izin penyelenggaraan dan status akreditasi Program Studi di STAI Al-Hidayah adalah sebagai berikut:
Sejak tahun 1999, pengembangan STAI Al-Hidayah dirintis dan diselenggarahkan oleh pengurus Yayasan Islam Al-Huda Bogor yang didelegasikan kepada para pimpinan STAI Al-Hidayah. Dari awal perintisan hingga sekarang, kepemimpinan ketua STAI Al-Hidayah telah memasuki enam periode kepemimpinan, yang terdiri dari: Drs. H. Mulyadi, M.Ag. (1999-2002), Drs. Dudung A. Amadung, M.Pd.I. (2002-2005), Drs.
Muhammad Ilyas (2005-2006), Drs. Dudung A. Amadung, M.Pd.I. (2006- 2007), M. Hidayat Ginanjar, M.Pd.I. (2007-2011), Dr. M. Hidayat Ginanjar, M.Pd.I. diangkat kembali menjadi Ketua pada periode kedua (2011-2015), dan Dr. Rahendra Maya, S.Th.I., M.Pd.I. diangkat menjadi Ketua pada periode pertama 2015-2019, dan periode kedua Agustus – November 2019, Dr. Unang Wahidin, M.Pd.I. Ketua pada Periode 2019-2023 dan Periode 2023-2027
