Institut Agama Islam (IAI) Al-Hidayah Bogor berawal dari bergeraknya Lembaga Pendidikan dan Dakwah (LPD) Al-Huda Bogor, yang sejak awal memprioritaskan aktivitasnya pada bidang Tahfizh Al-Qur’an Al-Karim dan Program Belajar Jarak Jauh (PBJJ). Pada tahun 1998, LPD Al-Huda mulai mengembangkan kiprahnya dengan mendirikan cabang di 25 kota di Jawa Barat dan Jakarta. Khusus PBJJ, pengembangannya menjangkau 26 provinsi di Indonesia bahkan diminati oleh peserta yang berdomisili di luar negeri.
Program PBJJ yang dikembangkan meliputi Al-Mursyid, yaitu program bimbingan Bahasa Arab praktis jarak jauh, serta Al-Hidayah, yaitu paket bimbingan belajar jarak jauh yang berisi kajian dinul Islam. Program Al-Hidayah mendapat sambutan luas dari masyarakat, tidak hanya di dalam negeri tetapi juga hingga Jepang, Hongkong, dan Arab Saudi. Antusiasme ini mendorong munculnya aspirasi agar program Al-Hidayah diselenggarakan secara formal melalui pendidikan tatap muka.
Sebagai respon atas aspirasi tersebut, LPD Al-Huda menyelenggarakan berbagai kegiatan seperti Tabligh Akbar dan Stadium General Al-Hidayah di berbagai kota besar. Namun, tingginya minat masyarakat belum dapat sepenuhnya terakomodasi. Di sisi lain, LPD Al-Huda juga mengelola Pondok Pesantren Pengkajian Al-Qur’an nonformal serta Akademi Dakwah Islam (ADI) di Leuwiliang, Bogor, yang kemudian dipandang perlu ditingkatkan statusnya agar lebih profesional dan kompetitif.
Dari sinilah muncul gagasan untuk mendirikan lembaga pendidikan tinggi formal yang memiliki legitimasi hukum dan mampu menaungi seluruh program yang telah berjalan. Gagasan tersebut direalisasikan dengan berdirinya Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Al-Hidayah melalui Surat Keputusan Yayasan Islam Al-Huda Nomor 401/BP/V/1999, dan secara resmi memulai perkuliahan pada 28 September 1999.
STAI Al-Hidayah memperoleh izin operasional dari Kopertais Wilayah II Jawa Barat dan Banten Nomor 32/Kop/S/II/2001, serta izin dari Direktur Jenderal Pendidikan Islam Kementerian Agama Republik Indonesia Nomor Dj.II/232/2006, yang kemudian diperpanjang melalui Keputusan Nomor Dj.I/576/2011. Konsistensi pengembangan kelembagaan tersebut kembali ditegaskan melalui capaian Akreditasi Institusi Perguruan Tinggi (AIPT) pada 4 Oktober 2019 berdasarkan Surat Keputusan BAN-PT Nomor 557/SK/BAN-PT/Ak-PKP/PT/XII/2019.
Komitmen STAI Al-Hidayah Bogor dalam menjaga dan meningkatkan mutu tata kelola pendidikan tinggi kembali dibuktikan dengan diraihnya Akreditasi “Baik Sekali” dari Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) sebagaimana tertuang dalam Sertifikat Akreditasi Institusi terbaru berdasarkan Surat Keputusan Direktur Dewan Eksekutif BAN-PT Nomor 2953/SK/BAN-PT/Ak/PT/XI/2025. Status akreditasi ini berlaku untuk periode 25 November 2025 hingga 25 November 2030, sekaligus menegaskan pengakuan nasional terhadap kualitas kelembagaan, penyelenggaraan tridharma perguruan tinggi, serta arah pengembangan STAI Al-Hidayah Bogor yang berkelanjutan dan berdaya saing.
Pada awal pendiriannya, kampus STAI Al-Hidayah berlokasi di Cimanglid, Sukamantri, Kabupaten Bogor. Sejak tahun 2010, kampus berpindah ke lokasi baru di Jalan Raya Dramaga KM 7, Kelurahan Margajaya, Kecamatan Bogor Barat, Kota Bogor.
STAI Al-Hidayah telah membuka beberapa Jurusan dan Program Studi S1 (Strata Satu), di antaranya Jurusan Syariah Program Studi Ahwal Syakhshiyah (Hukum Keluarga), Jurusan Tarbiyah Program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI), dan Jurusan Ushuluddin Program Studi Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir. Kemudian pada tahun 2011 dibuka Program Studi baru D3 (Diploma Tiga), yaitu Jurusan Ekonomi Islam dengan Program Studi Perbankan Syariah. Kemudian pada tahun 2016 dibuka Program Studi Manajemen Pendidikan Islam (MPI) dan di tahun 2025 tepatnya pada bulan maret secara resmi menerima Surat Keputusan (SK) Izin Penyelenggaraan Program Studi Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir (IAT) untuk jenjang Magister (S-2) dari Kementerian Agama Republik Indonesia. Selain itu, dalam meningkatkan mutu pendidikan mahasiswa, STAI Al-Hidayah dilengkapi dengan sarana dan prasarana yang diharapkan bisa menunjang, di antaranya sebuah bangunan masjid sebagai sarana beribadah dan media latihan keagamaan (laboratorium penyiapan mahasiswa) untuk diterjunkan ke tengah-tengah umat, perpustakaan, koperasi, studio radio, 5 Jurnal Ilmiah Terakreditasi, 4 Prosiding untuk publikasi hasil penelitian dan lainnya. Semua itu tidak lain demi peningkatan kualitas mahasiswa sebagai kader Islam yang bisa membela umat pada setiap lini kehidupan.
Adapun izin penyelenggaraan dan status akreditasi Program Studi di Institut Agama Islam Al-Hidayah Bogor adalah sebagai berikut:
Program Studi Sarjana Pendidikan Agama Islam (PAI) Telah terakreditasi oleh LAMDIK dan mendapat peringkat UNGGUL, berdasarkan Surat Keputusan LAMDIK (<<Klik) Nomor: 456/SK/LAMDIK/Ak/S/IV/2024 04 April 2024 – 19 Maret 2029.
Program studi MPI (Manajemen Pendidikan Islam) telah terakreditasi oleh LAMDIK No.SK Akreditasi: 590/SK/LAMDIK/Ak/S/VI/2023 Nilai Akreditasi 326 = Baik Sekali pada tanggal 5 November Juni 2023-4 November 2028.
Prodi IAT (Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir) Telah terakreditasi oleh BAN-PT dan mendapat peringkat Baik Sekali, berdasarkan Surat Keputusan BAN-PT Nomor: 6366/SK/BAN-PT/AK-PPJ/S/X/2024. Peringkat Akreditasi Program Studi sebagaimana dimaksu dalam diktum PERTAMA berlaku mulai tanggal 19 Oktober 2024 sampai dengan tanggal 1 Februari 2027.
Program Studi Hukum Keluarga Islam telah terakreditasi oleh BAN-PT dan mendapat peringkat Akreditasi Baik berdasarkan Surat Keputusan BAN-PT Nomor: 12363/SK/BAN-PT/Akred/S/XI/2021 pada tanggal 16 November 2021-16 Npvember 2026
Prodi ESY (Ekonomi Syari’ah) Telah terakreditasi oleh LEMBAGA AKREDITASI MANDIRI EKONOMI, MANAJEMEN, BISNIS DAN AKUNTANSI No:392/DE/A.5/AR.11/VI/2024 dengan peringkat BAIK, tanggal 28 Juni 2024-28 Juni 2029.
Program Studi DIII Perbankan Syariah (PS) dengan Status TERAKREDITASI C di BAN PT dengan SK Nomor:1614/SK/BAN-PT/AKRED/Dipl-III/III/2021, 23 Maret 2021.
Tgl 19 Maret 2025 berdiri Program Magister Program Studi Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir, SK Menteri Agama RI No.286 tahun 2025
Sejak tahun 1999 hingga kini, STAI Al-Hidayah telah dipimpin oleh beberapa ketua dalam enam periode kepemimpinan, hingga saat ini dipimpin oleh Dr. Unang Wahidin, M.Pd.I. untuk periode 2019–2023 dan 2023–2027.
Puncak dari perjalanan panjang pengembangan kelembagaan tersebut adalah transformasi STAI Al-Hidayah Bogor menjadi Institut Agama Islam Al-Hidayah Bogor, yang secara resmi ditetapkan melalui Surat Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 1664 Tahun 2025. Surat keputusan tersebut diterima langsung oleh Ketua STAI Al-Hidayah Bogor, Dr. Unang Wahidin, M.Pd.I., pada 20 Desember 2025.